EDITAR :
Não parece ser uma maneira fácil de corrigir isso.
phoibos encontrou esta discussão com links para Gnome bug report # 649087 .
Podemos ver isso funcionando em uma versão futura do Gnome (a versão atual é 3.2.1 no Ubuntu 12.04).
Agora segue a resposta para a pergunta inicialmente mal entendida :
Se você tiver dois ou mais programas de vinho diferentes, o ícone de vinho deve ser estendido e mostrar um pequeno triângulo abaixo dele. A partir daí, você pode alternar programas com < '> atalho. Isso é mais a tecla esquerda de 1, acima da tecla.
Agora, se você não está tendo o triângulo, o vinho só vê seu programa como uma única janela. Neste caso, não acho que haja um caminho fácil.