O problema parece acontecer quando o Windows Wobbly e o Window Decoration são ativados ao mesmo tempo ... Se você desabilitar qualquer uma das duas opções, o problema desaparecerá. E no caso em que os dois são ativados ao mesmo tempo, as janelas do nautilus mostram o comportamento estranho aleatoriamente (pelo menos no meu caso) ...
O que eu fiz foi desativar a decoração da janela apenas para o Nautilus.
Vá para CompizConfig / Effects / Decoração de Janelas / Janelas de Decoração e substitua qualquer por (qualquer) & amp; ! (class = Nautilus)
A desvantagem disso é que ele remove a barra superior na janela do nautilus, mas você ainda pode movê-lo, pegando o espaço preto em torno da barra de endereço ...