Acredito que você pode salvar o conteúdo de / etc / NetworkManager / system-connections e depois colocá-los de volta no lugar após a instalação. Você deve ter um arquivo por conexão e ele terá sua senha em texto simples, portanto, tenha cuidado com o que você faz com os arquivos.
Eu também tenho / home em uma partição separada, mas sempre faço backup / etc, pois há coisas que não quero refazer, como a configuração do meu autofs.