Com base em minha própria experiência com o 12.04, o desempenho parece se degradar na área de trabalho de vários monitores, independentemente de suas taxas de atualização ou de quaisquer outras configurações de exibição. Embora o uso de uma única área de trabalho de exibição (área de trabalho de vários monitores, uma área de trabalho para cada monitor) mantenha FPS normais durante a reprodução ou renderização de vídeo.
Como você mencionou a ATI e a Nvidia tendo este problema, vou assumir que pode ser algo específico com o Xubuntu e rodar qualquer área de trabalho de duas telas. Estou curioso para saber se outras variantes do Ubuntu também têm esse problema.