A única maneira que encontrei para contornar este problema até agora é criar manualmente um modo clonado a partir da linha de comando, por exemplo:
nvidia-settings --assign CurrentMetaMode="LVDS-0: nvidia-auto-select @1280x1024 +0 +0 {ViewPortIn=1280x1024, ViewPortOut=1440x1080+240+0}, DVI-I-0: nvidia-auto-select @1280x1024 +0 +0"