Eu pessoalmente não tive um problema. Redimensionei meus discos usando gparted, ntfs e fat32 e ext4. Aproximadamente 8-10 vezes até agora. Deve ser seguro, caso contrário, você veria problemas como "o gparted quebrou meu disco" em toda a Web.
Do jeito que eu vejo, não seria na distribuição do ubuntu se não estivesse fazendo seu trabalho 99%. É um programa bem estabelecido com um bom programador, bem mantido e suportado regularmente (fechando / corrigindo bugs). :)
É claro que, se você tem medo de perder seus dados, pode sempre comprar ou pedir de alguém que lhe empreste um disco rígido, usb ou sata, para poder fazer backup de seus dados importantes primeiro.
Como mencionado nos comentários, use um livecd com gparted (por exemplo, ubuntu 12.04 livecd), deixe-o fazer o seu trabalho e não interfira. Além disso, não faça muitas etapas como um trabalho em lote (não coloque muita coisa para fazer na fila do gparted). Faça-os um por um e clique em aplicar.
Há apenas uma situação de risco, se a energia cair, conforme o comentário de Anwar:
Não há nada como garantia de 99,99%. Falha de energia repentina também pode te causar uma grande placa de metal, sem uso. Observe também que: Como por minha conhecimento, Todas as ferramentas de particionamento são perigosas. Eles sempre avisam seus usuários sobre isso