Você tem que reinstalar WUBI para usar o Ubuntu após a reinstalação do Windows. Faça o seguinte
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Reinstale o Windows
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mova seu arquivo root.disk na pasta D: \ ubuntu \ disks para qualquer lugar que você goste (exceto no Ubuntu em> pasta, porque a reinstalação do wubi irá apagar a pasta do ubuntu)
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Instale o Ubuntu usando Wubi para D: \ partition
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Após a conclusão da instalação, substitua o arquivo Root.disk pelo antigo arquivo Root.disk (que fizemos o backup na etapa 2) )
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Reinicie.