Para inicializar o Windows, use seu BIOS para inicializar diretamente a partir da sua unidade do Windows, já que são duas unidades separadas. A unidade do Windows deve conter um MBR na raiz do disco e deve inicializar bem. Você pode fazer isso alterando sua ordem de inicialização ou usando um 'menu de inicialização' se o seu bios suportá-lo durante a inicialização.
Em seguida, você pode usar um ubuntu livecd para recuperar o grub no segundo disco. Use o guia encontrado no wiki do Ubuntu para fazer isso: