Este é um resultado da política da Canonical que não permite mais os ícones tradicionais da bandeja do sistema, e muito menos algumas exceções.
O Truecrypt e algumas versões do Skype ainda usam a maneira antiga de anunciar sua presença em segundo plano e, para permitir que esses ícones da bandeja do sistema sejam vistos, você pode executar o seguinte comando:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['all']"
Você pode precisar sair e entrar novamente.
Para reverter esta alteração:
gsettings set com.canonical.Unity.Panel systray-whitelist "['JavaEmbeddedFrame', 'Mumble', 'Wine', 'Skype', 'hp-systray']"