Se eu entendi a WUBI corretamente, a instalação em si não será afetada, desde que você não reformate o disco rígido durante a instalação.
No entanto, provavelmente você não poderá mais inicializar no Ubuntu. O bootloader do Windows 7 será substituído pelo novo bootloader do Windows 8 (sem a opção de inicializar no Ubuntu). Em teoria, quando você executar o instalador do wubi novamente, ele deve reconhecer que você já instalou o Ubuntu e lhe dará a oportunidade de atualizar o gerenciador de inicialização do Windows, mas , e este é um grande "mas", Não tenho certeza se o Wubi pode lidar com o novo gerenciador de inicialização do Windows 8.
Você pode experimentar, no entanto; no entanto, faça backup de tudo que você tenha de valor na instalação do Ubuntu primeiro.
Alternativamente, mova o Ubuntu para fora do Windows - migre-o para uma partição separada.