Isso acontece quando o nautilus trava. Nas sessões do Gnome e do Unity, o nautilus é executado no login e gerencia o plano de fundo da área de trabalho. Esse processo está em execução, quer você tenha uma janela do nautilus aberta ou agora. Está caindo em mim agora, por causa do bug 1053670 no Quantal. E eu diria que está batendo em você, ou não está funcionando por algum motivo. (O que você está executando? Você atualizou recentemente?)
Quando não há nautilus em execução, a lista rápida torna-se genérica. E clicar com o botão direito do mouse na área de trabalho não faz nada. (Acho que as pastas na área de trabalho podem desaparecer, mas eu não tenho nenhuma).