Eu faço algo semelhante e uso apenas o rsync para manter o pendrive atualizado ou atualizar um dos computadores. O rsync funciona melhor porque, com os controles certos, ele fará o backup de tudo sem sobrescrever o mesmo arquivo a cada vez, ou sobrescrever os arquivos mais recentes com uma versão mais antiga.
Para fazer o backup (por exemplo) do diretório Documentos no Pendrive, primeiro forneça ao pendrive um rótulo (nome do volume) e crie um diretório de destino, como 'Documentos'. Ao fornecer um rótulo ao pendrive, ele será facilmente encontrado no diretório / media. Em seguida, emita o seguinte comando:
rsync -av ~/Documents/ /media/yourlabelname/Documents/
Este comando faz backup de tudo em seus documentos iniciais no pendrive. Para reverter o processo e atualizar os arquivos em outro computador, simplesmente inverta o comando rsync, por exemplo:
rsync -av /media/yourlabelname/Documnets/ ~/Documents/
É bastante fácil colocar esses dois comandos em scripts bash muito curtos e executar um a cada vez digitando o nome do script bash. Se os scripts estiverem em ~ / bin, eles serão incluídos no caminho do executável.
Observe que, se a unidade USB for formatada como FAT, o nome do volume será normalmente limitado apenas às maiúsculas, mesmo que você tenha digitado o nome do volume em letras minúsculas ao criá-lo. Como o bash é completamente sensível a maiúsculas e minúsculas, você deve obter o nome do volume e o nome do diretório exatamente para a direita, ou os comandos rsync deixarão de funcionar.