Depende de qual terminal você está usando, mas se você estiver usando o padrão no Ubuntu, você deve poder editar as configurações do terminal e alterar a codificação. Como é um problema isolado no aplicativo terminal, provavelmente é um erro de configuração e, provavelmente, de codificação.
Eu não estou executando o Ubuntu agora, então não tenho certeza de onde ele está localizado, mas tenho certeza que está em algum lugar próximo de Editar > Preferências ou similar, em torno de onde você muda coisas como cor de fundo e fonte para o terminal. Eu sugiro mudar para UTF-8 e ver se isso resolve o problema.