Você pode querer olhar para este relatório de bugs da Unity, é um irritante, mas ainda não corrigido:
Às vezes, no Ubuntu 12.04 (sem modificações), quando o aplicativo X está no topo da tela (ou seja, é a janela que vejo), os botões Fechar e Minimizar não são do aplicativo X.
Assim, quando clico em "fechar", de repente, outro aplicativo é fechado e não o que aparece no topo. Porque isto é assim? E como posso consertar isso?