Se fosse eu, como alguém que gosta de testar coisas, eu faria de maneira diferente.
Instale o VirtualBox no Windows e instale o Ubuntu em uma VM onde você pode facilmente fazer o backup no total e fazer cópias ou marcadores. Você pode criar uma instalação limpa e copiar a imagem do disco para ter uma segunda instalação limpa (ou até mesmo fazer 3 cópias se tiver espaço).
Isso tem a vantagem de eliminar todos os problemas do grub, pois cada VM tem seu próprio grub, é fácil de fazer backup e pode ser movida para um computador diferente com facilidade.
Outra vantagem é evitar a WUBI, que às vezes é problemática.
Ou, a maneira como faço isso é simplesmente criar várias partições no meu disco e instalar as coisas diretamente. Mas isso requer entender como o GRUB funciona e, possivelmente, resolver os problemas de vez em quando. Boa maneira de aprender, se você estiver envolvido nisso, mas estressante se não for (ou mesmo se for, até aprender).