Se tiver certeza de que precisa da criptografia completa do disco, é melhor considerar o backup dos dados atuais e fazer uma reinstalação.
Uma nova instalação dará opções em
- LUKS partição de permuta criptografada
- LUKS criptografado
/filesystem - LUKS cifrada
/homepartição (se não estiver em/)
excpt sistema de arquivos criptografado /boot .
Btw, o instalador usa eCryptfs para criptografia de usuário, que é mais lenta do que LUKS criptografia.