Bom, ainda não sei por que a frase secreta da criptografia da pasta de início não foi fornecida na primeira execução, de qualquer forma, com um comando simples no terminal, é possível obter essa frase secreta.
ecryptfs-unwrap-passphrase
Isso é útil se for necessário fazer uma recuperação manual dos dados presentes na pasta inicial criptografada, conforme descrito aqui: