Eu tive uma pergunta semelhante, e encontrei a resposta, foi um arquivo .desktop ausente para mim e incluí um guia para criar manualmente um (embora eu esteja esperando que alguém me mostre uma melhor de qualquer forma, aqui está como eu fiz isso.
1) Abra o Gedit do Terminal com privilégios de root usind gksu gedit
2) Abra um arquivo .desktop de /usr/share/applications e copie-o para um novo arquivo.
3) Edite o nome, comentários e imagem ao seu gosto.
4) Altere o comando para java -jar %u NÃO ESQUEÇA O %u
5) Salvar
6) Clique com o botão direito do mouse no arquivo .jar no nautilus, selecione properties>open with>show all applications e selecione a nova entrada, selecione add ou set as default .