Foi-me dito para fazer isso, embora eu esteja respondendo a minha própria pergunta. O Ubuntu Tweak parece mexer com o driver fglrx. Eu estava prestes a desistir da esperança, mas decidi remover o driver e reiniciá-lo. Ainda não há Unity ou Gnome 3.4. Eu instalei o driver proprietário da ATI. Foram necessárias 3 trys quando as duas primeiras instalações insistiram que o fglrx ainda estava instalado. 3ª tentativa instalada sem falhas. Reinicie e Unity e Gnome 3.4, melhor que nunca. Este é um problema que tenho visto no Google várias vezes. Cuidado com o zelador de limpeza se tiver uma placa ATI. Isso te causará problemas. Eu voltei para o lightdm e funciona perfeitamente.