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O Nautilus está aparecendo no tema branco, enquanto o Movie Player está em preto. Se você observar o tema Ambiance, o tema do nautilus exigirá um arquivo .css separado ou um tema específico. Veja /usr/share/themes/Ambiance/gtk-3.0/apps/nautilus.css para ver.
Você precisaria copiar isso e corrigir os valores para o Adwaita.
Nem todos os temas sendo completamente convertidos para todos os casos especiais com Gtk3 é provavelmente o motivo pelo qual eles estão desabilitados por padrão.
Editar : Eu dei uma olhada no Adwaita e é o player de filme que não está em conformidade. Eu tive de trás para frente, mas o ponto continua o mesmo. Você pode adicionar um totem.css para corrigi-lo.