Eu não acho que a atualização online esteja garantida para funcionar em uma instalação do Wubi. Eu pareço lembrar que ele não é totalmente testado durante o teste beta. Uma falha na atualização on-line pode fazer com que os dados na instalação do Wubi fiquem inacessíveis.
Você pode inicializar o LiveDVD de 12.04 (ou outro) e montar o drive virtual wubi para obter seus dados. Você deve então remover a instalação do wubi do Windows e reinstalar o 12.04, depois colocar seus dados de volta em / home.
Você também pode considerar uma instalação de dual boot do Ubuntu. Antes de configurar um sistema de dual boot, eu recomendo que você desfragmente e verifique o sistema de arquivos do Windows, pois ele pode acelerar a instalação (re-particionamento) imensamente e reduzir bastante a chance de problemas. Você realmente deve fazer backup de todos os seus dados antes de fazer nada disso. Se você quiser fazer o backup do disco virtual do wubi antes de continuar, você o encontrará em
d: \ ubuntu \ disks \ root.disk
Chris