Use o seguinte para instalar um pacote com apenas as dependências necessárias , não as recomendadas (que geralmente são instaladas por padrão):
sudo apt-get -o APT::Install-Recommends=0 install package1 package2 package3
Enquanto o Unity 2D pode funcionar sem algumas das dependências necessárias, é uma zona muito perigosa para se intrometer. Você pode usar dpkg
com remoção forçada para remover os que você acha que não importa, após a instalação com o acima.