Eu já fiz o que você quer fazer. Eu também uso o Windows 7 em uma partição e o Ubuntu 11.10 em outra partição.
Eu também fiz uma nova instalação do Ubuntu 12.04. Agora eu tenho o Ubuntu 12.04 e o Windows 7 em diferentes partições.
Faça o seguinte: primeiro, faça backup de suas informações. Em segundo lugar, inicialize seu computador a partir de um LiveCD. Em um certo ponto do processo de instalação, você verá algo semelhante a isto:
Escolha a opção que diz "Deseja Ubuntu 11.10 e reinstale" e clique em "Instalar agora". Nada vai acontecer com a sua partição do Windows. Seu antigo Ubuntu 11.10 desaparecerá e um novo Ubuntu 12.04 será instalado.
Deixe-me dizer algo sobre novas instalações: em algum momento elas são ótimas, eu faço uma vez por ano. Mas depois de fazer uma nova instalação, você perceberá todas as alterações feitas no seu antigo Ubuntu e terá que fazê-lo novamente. O problema é quando você não se lembra como você fez isso, então você passará muito tempo configurando tudo novamente.
Pense em fazer uma instalação nova e boa sorte.