Você pode fazer isso facilmente usando um script de shell que vem com Ubuntu tweak-tool
Se você já tem o Ubuntu tweak instalado, abra-o e vá para
Admins tab>>Personal>>scripts
e arraste o convert image to PNG para a esquerda sob os scripts ativados.
Depois disso, clique com o botão direito do mouse em uma imagem GIF e goto scripts>>convert image to PNG
E em alguns segundos você terá todos os quadros extraídos na mesma pasta.
