Tenho notado por algum motivo (e se isso é verdade ou não, não tenho certeza) que o Linux é muito sensível à falha de hardware. Eu já vi isso no meu computador de escritório em casa algumas vezes. Sua melhor aposta é começar a executar diagnósticos de hardware.
Para isso, eu recomendaria o Ultimate Boot CD. No seu caso, eu começaria com a execução de um Memtest (pelo menos por uma hora, da noite para o dia, se possível), seguido de um teste no disco rígido (cujo teste dependerá da marca do seu disco rígido). Desses dois, eu apostaria muito dinheiro que algo apareceria defeituoso - e meu dinheiro estaria na memória.