Eu encontrei uma solução para o meu problema, eu usei o Ubuntu 10.04 Live cd, o que me resultou em erro ao reparar o disco informando que:
Arquivo montado ou aberto por outro programa.
Mas eu baixei o arquivo iso do Ubuntu 11.04 e inicializei-o a partir do meu USB. E fez estes passos:
1) Abri o Gparted, selecionei meu disco que tem setores defeituosos (que podem ser encontrados em Disk Utility Tool
), e fiz uma verificação dele em Partition -> Check
.
2) Depois disso, vá para Edit -> Apply all operation
, clique na mensagem de confirmação que aparece.
Demorará algum tempo e todos os erros foram apagados e agora o meu Ubuntu está recuperado.