O gerenciador padrão é o Ubuntu nautilus. Você pode abrir uma pasta com o nautilus com este comando
nautilus /path/to/folder
Mas isso só funcionará quando o nautilus estiver instalado (ou seja, no gnome ou no Ubuntu). Você também pode usar este comando:
xdg-open /path/to/folder
Isso deve abrir a pasta com o gerenciador de arquivos padrão do usuário. Ele funcionará da mesma maneira que o comando acima para o Ubuntu simples, mas abrirá o Konkeror no Kubuntu ou no Thunar no Xubuntu.