Inicialize a partir da mídia ao vivo para que nenhuma partição seja montada. A capacidade de viver as partições de extensão é o grande bônus de usar o LVM.
Se você usar algo como resize2fs , você deve ser capaz de fazê-lo sem mídia ao vivo.
Contanto que sua ferramenta esteja fazendo um redimensionamento adequado, você deve manter todos os seus arquivos. É por isso que eu prefiro o CLI para operações importantes sobre ferramentas de GUI. Você nunca sabe exatamente o que eles estão fazendo.