Não há como o Xinerama trabalhar com a aceleração 3D agora, isso pode funcionar no futuro. Para o segundo monitor, o gerenciador de janelas está ativo, mas suponho que você esteja usando a unidade, a unidade não pode ser forçada em duas telas, nem o shell do gnome pode ser compreendido. Há apenas para novo agora, no futuro, isso será diferente. O que você pode fazer é alternar para um ambiente de área de trabalho diferente, o KDE ou o gnome 2 ou XFCE ou até mesmo um gerenciador de janelas como a caixa aberta. A partir daí nesses ambientes, você pode adicionar painéis à segunda sessão x.
Eu conheço a sua dor Eu estive procurando uma maneira de fazer xinerama trabalhar com o 3d também, mas não há nenhum agora.