Quando você usa heredocs, a string de limite heredoc ( EOF
here) no final deve estar sozinha nessa linha - nada mais, nenhum espaço, recuo, etc. Portanto, seu código deve ficar assim:
sudo tee /etc/apt/apt.conf.d/95proxies << EOF
Acquire::http::proxy "http://$proxyhost:$myport/";
Acquire::ftp::proxy "ftp://$proxyhost:$myport/";
Acquire::https::proxy "https://$proxyhost:$myport/";
EOF