A pasta que você está falando faz parte de uma pasta de e-mail Maildir . Cada arquivo sob o subdiretório cur representa uma mensagem na pasta.
A remoção dos arquivos deve funcionar, mas você provavelmente teria uma ideia melhor do que está excluindo se excluir as mensagens por meio de um cliente de e-mail IMAP.
Usando o Thunderbird como exemplo, você pode clicar no botão à direita dos cabeçalhos da coluna da lista e selecionar Size para mostrar o tamanho de cada mensagem na pasta. Isso deve facilitar bastante para o usuário determinar quais mensagens estão ocupando a maior parte do espaço.