Finalmente descobri. O comando foi nautilus --no-desktop --browser %U
.
Quando eu corri isto é terminal eu recebi este erro:
Uma vez que eu removi isso do comando e --no-desktop ele funciona bem. O único problema remanescente (se você quiser chamá-lo assim) é que quando clico com o botão direito do mouse e Open With, eu tenho que usar o Files em vez do File Browser. Ou eu poderia apenas clicar duas vezes.