Bem, se um sistema de arquivos relata uma quantidade incorreta de espaço usado e parte de seu conteúdo é ilegível, ele sugere um sistema de arquivos corrompido - possivelmente causado pela falha do seu disco rígido.
Antes de mais nada, verifique se você tem um backup recente de todos os seus arquivos importantes. Então você pode inicializar a partir de um LiveCD do Ubuntu e usar smartctl
para ver S.M.A.R.T. status do seu disco rígido e execute fsck
para localizar / corrigir erros do sistema de arquivos (desde que o hardware esteja ok, caso contrário não faz sentido corrigi-los)