Parece que foi algum bug. O Nautilus não inicia mais após o downgrade de repositórios propostos.
Eu tenho o KDE instalado no Ubuntu (não no Kubuntu) e o Nautilus começa com ele.
Mas deve começar apenas no GNOME ou Unity:
$ grep OnlyShowIn /etc/xdg/autostart/nautilus-autostart.desktop
OnlyShowIn=GNOME;Unity;
Desinstalar o Nautilus ou salvar a sessão do KDE não é uma opção. Não deve começar de todo.
Parece que foi algum bug. O Nautilus não inicia mais após o downgrade de repositórios propostos.