Você não pode criptografar toda a sua partição Ubuntu com o Truecrypt, ele não inicializaria mais. Se você deseja obter uma instalação totalmente criptografada do Ubuntu, experimente a imagem alternativa , que tem uma opção para criptografar totalmente sua partição Ubuntu (exceto para / boot).
Além disso, posso dizer pelos pontos de montagem da sua tela que você usou Wubi para instalar o Ubuntu. Esta não é uma configuração do Ubuntu "adequada", já que basicamente reside em um arquivo na partição do Windows. Considere reinstalar o Ubuntu de forma regular, ou seja, inicializando seu computador a partir de um Ubuntu live-cd / -usb.