Você não pode usar as configurações de exibição padrão para configurar a configuração de vários monitores com placas nvidia. Somente definir as bordas e o ativador fixos nas duas telas precisam ser definidos nas configurações.
Tudo o que fiz em 12.04 foi:
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Instale os drivers nvidia atuais (provavelmente já instalados). Pesquisa nvidia-current
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Use as configurações do servidor nvidia x
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Configure os vários monitores em 'twinview' (escolha a resolução e arraste as telas na posição desejada)
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Salvar conf.
Para ver as alterações, você só precisa sair / entrar.
Se você clicar em aplicar, tentará fazê-lo sem sair.
Eu tive esses problemas em 11.10. Encontrado nos meus favoritos: 11.10 problema com a placa nvidia de monitor duplo