Em 11.10 e antes de abrir as Configurações do sistema no ícone de roda dentada no canto superior direito. Selecione a guia Teclado, Atalhos e Atalhos personalizados na parte inferior do painel. Na parte inferior da janela, você verá uma chave "+", clique nela. No campo Nome: insira o que você deseja para um rótulo. No campo Comando, digite emesene e clique no botão Aplicar. Selecione a nova linha acima com seu marcador e clique na palavra Desativado. Novo atalho ... substituirá a palavra Desativado. Agora entre no ativador de chave e ele substituirá Novo atalho .... "Super + E" indicará "Mod4 + E" e o seu feito. Se o seu atalho de teclado não funcionar, é porque ele já está sendo usado pelo sistema. Super + E vai funcionar, eu tentei.
A partir de 12.04 você ainda pode criar um short personalizado com a tecla Super, mas não vai funcionar. Uma alternativa viável para o exemplo acima é Ctrl + Alt + E.