Você deve colocar seu subdomínio2 DocumentRoot no seu /etc/apache2/sites-available/default
assim:
<VirtualHost *:90>
ServerName subdomain2.subdomain.1.com
DocumentRoot /home/USER/public_html
<Directory /home/USER/public_html/>
Options FollowSymLinks
AllowOverride All
</Directory>
</VirtualHost>