O Ubuntu é para uso diário na área de trabalho, o Ubuntu Server é principalmente para sites e não possui interface gráfica.
Acabei de comprar os CDs do Ubuntu, eu tenho um Ubuntu 11.10 e uma edição do Ubuntu 11.10 Server, existe uma grande diferença entre eles?
O Ubuntu é para uso diário na área de trabalho, o Ubuntu Server é principalmente para sites e não possui interface gráfica.
Sim, há uma grande diferença. Ubuntu Desktop (o que eu presumo que você esteja se referindo como apenas "Ubuntu") é projetado para uso diário em um computador desktop (ou laptop) padrão. Ele terá todas as coisas usuais que você esperaria de um sistema operacional (suíte de escritório, navegador, gerenciador de arquivos, mouse, gráficos brilhantes).
O Ubuntu Server, por outro lado, é projetado para servidores. Como raramente um realmente fica no servidor físico, não há suporte gráfico incluído por padrão (ou seja, somente linha de comando). Ele também será otimizado para suporte de servidor de outras maneiras.