Eu estava enfrentando um problema semelhante, mas a ativação da 'Compatibilidade com o KDE' no CCSM pareceu corrigir isso para mim!
Na maioria das vezes, depois de fazer login no Ubuntu 11.10 (64 bits), o iniciador do Unity parece ter o nível de foco errado. Em vez de, por exemplo, o painel estar sempre em cima de outras janelas e aplicativos já abertos, ele fica atrás deles, forçando-me a mover as outras janelas para o lado para que eu possa ver o painel.
Por que o painel não fica no topo?
Eu estava enfrentando um problema semelhante, mas a ativação da 'Compatibilidade com o KDE' no CCSM pareceu corrigir isso para mim!