Com qualquer coisa que se pareça com hardware moderno ou mais de 1 Gb de memória RAM, você não perceberá um impacto no desempenho.
Se desejar, execute top em um terminal e adicione um espaço de trabalho. Top irá mostrar-lhe as mudanças no uso de ram e cup. Você provavelmente verá uma pequena mudança ao adicionar o espaço de trabalho ou se alternar espaços de trabalho. Deixe-o resolver;)
Então, sim, ele usará recursos, mas o efeito sobre "desempenho" deverá ser insignificante.
Se você perceber um impacto no desempenho, então você teria um bug, provavelmente no driver de vídeo / placa gráfica.