No momento, não há configuração no nautilus para validar arquivos copiados.
Nautilus tem uma página Brainstorm para idéias, então talvez você possa adicionar sua solicitação lá.
Normalmente, uso rsync ou rdiff-backup para copiar ou mover grandes quantidades de arquivos com a validação ativada.
Eu não sei se o Nautilus usa algum tipo de verificação em comandos de copiar ou mover.
No momento, não há configuração no nautilus para validar arquivos copiados.
Nautilus tem uma página Brainstorm para idéias, então talvez você possa adicionar sua solicitação lá.