Você precisa passar um argumento --class
para cada lançador para que o gnome-terminal pense que é um aplicativo separado.
Você pode fazer isso apenas criando um launcher personalizado para um deles (provavelmente mc) e passá-lo
gnome-terminal -e mc --disable-factory --sm-client-disable --class=mc"
isso deve ser suficiente para que o Unity o classifique como um aplicativo diferente, veja aqui: