Você pode usar (GNOME) Tweaks para fazer isso. Se não estiver instalado, instale-o por
sudo apt install gnome-tweak-tool
Inicie Tweaks e vá para a seção Desktop . Em seguida, desative (ou desmarque) a opção Lixeira (ou Lixeira ou Lixeira) em " Ícones na área de trabalho ".
Como alternativa, você pode executar o seguinte comando no Terminal:
gsettings set org.gnome.nautilus.desktop trash-icon-visible false