Por favor, veja a pergunta: Como tornar o lançador Unity sempre visível?
Basicamente, você precisa definir a opção Hide Launcher do Plugin do Ubuntu Unity para Nunca . Pode ser definido usando o Gerenciador de configurações do CompizConfig.
Quanto ao seu comentário de que as janelas se escondem sob o Launcher, isso não parece acontecer comigo. Eu fiz alguns testes e parece estar funcionando.