Na minha experiência, o Ubuntu nunca funcionou bem no Virtual PC. Parece que está funcionando melhor do que costumava - eu nunca costumava ir além do bootloader.
Para ser honesto, você não pode realmente esperar que a Microsoft otimize seu produto para executar o Linux quando ele for projetado para a virtualização de desktops do Windows. Você pode suspeitar que eles até mesmo deliberadamente quebram coisas para fazer outros sistemas operacionais parecerem ruins - mas tais suspeitas provavelmente seriam grosseiras.
Eu recomendo que você experimente um dos outros produtos gratuitos de virtualização. O primeiro a se lembrar seria o Oracle VirtualBox , que é fácil de usar e roda todas as distribuições de Linux que eu joguei nele, além do Windows.
VMWare Player e sua grande seleção de imagens do appliance e documentação prontamente disponível em como criar imagens virtuais sem as ferramentas pagas também seria uma escolha popular para hospedar o Ubuntu no Windows.