Acho que você pode tentar a solução sugerida aqui, instalar o plugin flash-aid no Firefox, que foi desenvolvido por um membro do fórum do Ubuntu e aplicar alguns truques para melhorar o desempenho do Flash no Ubuntu:
Tenho sérios problemas de desempenho com o flash no Ubuntu 11.10. o problema se manifesta quando tento reproduzir arquivos flash grandes em sites de hospedagem como gorillavids.com e afins. a reprodução começa normal e, depois de 10 minutos, a taxa de quadros fica cada vez menor, até chegar a 2 fps. o arquivo inteiro é carregado e o áudio está bom. isso acontece na minha plataforma principal (i5, 8 GB, radeon hd5450) e no meu laptop (i3, 4 GB, Intel HD Graphics). depois de iniciar o Windows, os arquivos são reproduzidos corretamente. Eu não tive nenhum problema com os vids do youtube, já que eles geralmente não são tão longos.
Eu tentei com o chromium e o firefox com o Flash Player restrito e com o Flash Player da Adobe, tudo se comporta da mesma forma.