Acabei de carregar um LiveCD 10.10 e mexi com eles um pouco. Parece-me que esses separadores específicos são codificados no lado esquerdo dos applets do painel Lista de Janelas e Área de Notificação (suponho que seja mais fácil abrir os menus do botão direito do mouse sem clicar acidentalmente em um de seus itens em vez disso).
Eu diria que, uma vez que sua aparência pode ser alterada pelo tema usado, você deve ser capaz de alterar algum tipo de imagem / outro arquivo de tema para algo completamente transparente para fazê-lo desaparecer completamente. Os temas são armazenados em /usr/share/backgrounds ; você pode tentar olhar lá e ver se consegue encontrar o que está procurando.
Minhas desculpas se essa resposta não for completa o suficiente para você, mas talvez possa ajudar alguém a começar uma resposta que possa levar você até o fim.