A principal razão pela qual o Unity e o GNOME Shell (que é o que eu imagino que você entende por GNOME 3.x) aparentemente não são tão customizáveis no momento é que eles ainda são softwares relativamente novos, e os desenvolvedores ainda estão resolvendo os erros antes de implementar mais controles.
Dito isso, tanto o Unity quanto o GNOME Shell já possuem muitas opções de configuração disponíveis. Veja Como posso configurar o Unity? para obter informações sobre como você pode personalizar o Unity, e extensions.gnome.org para obter uma lista de extensões do GNOME Shell que você pode instalar diretamente do seu navegador da Web para alterar a funcionalidade e a aparência do GNOME Shell. Além disso, GTK + 3 temas e outros aspectos da interface agora podem ser gerenciados usando o utilitário GNOME Tweak Tool (consulte Como faço para obter e instalar mais temas, ícones e ponteiros? ).
Se houver alguma funcionalidade específica ou opção que você esteja procurando, informe-nos em uma edição da sua pergunta para que possamos resolvê-la melhor.