Se você está pronto para remover janelas, provavelmente o mais fácil seria fazer um backup de seus dados e fazer uma instalação nova e padrão, sobrescrevendo todas as suas partições.
Sua outra opção seria migrar sua instalação do wubi para fora do Windows e excluir janelas.
migrar o wubi foi discutido aqui: Como migrar de Wubi para uma instalação regular?